O Secretário-Geral é o representante legal da MRAE e responsável por executar as deliberações aprovadas pelo Colegiado Microrregional, coordenando a aplicação das políticas, diretrizes e decisões estratégicas da Autarquia.

Atualmente, a função é exercida por Samuel Pontes do Nascimento, atual  Secretário de Administração do Estado do Piauí.