A MRAE possui uma estrutura de governança interfederativa instituída em lei, composta por instâncias deliberativas, técnicas e participativas, que asseguram a gestão integrada das funções públicas de interesse comum relacionadas aos serviços de abastecimento de água e esgotamento sanitário. Essa estrutura foi concebida para garantir a atuação coordenada entre Estado e Municípios, promovendo decisões colegiadas, baseadas em critérios técnicos e orientadas pelo interesse público.

A governança da MRAE fortalece a transparência, o controle social e a participação institucional dos entes municipais e da sociedade civil, por meio de mecanismos formais de deliberação, consulta e acompanhamento. Dessa forma, assegura-se maior segurança jurídica, eficiência na prestação regionalizada dos serviços e alinhamento às diretrizes legais de universalização e sustentabilidade econômico-financeira, contribuindo para a melhoria contínua da qualidade dos serviços prestados à população.